A fokhagyma csökkenti a vér alvadási képességét, ezért az orvosok azt javasolják, hogy a tervezett műtét előtt legalább egy héttel ne fogyasszák.
Ezenkívül ez a termék erősen stimulálja az emésztőrendszert, ami szintén káros lehet.
A fokhagyma különösen veszélyes a krónikus hasnyálmirigy-gyulladásban és epekövekben szenvedő emberek számára, mivel görcsöket okozhat.
Gyomorégést is okoz: a fokhagyma irritációja hatására a gyomor sok savat termel, aktívan összehúzódik, és tartalma visszaszivárog a nyelőcsőbe, ami elviselhetetlen égő érzést okoz. Különösen súlyos következményekkel jár, ha a fokhagymát éhgyomorra fogyasztják.